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基礎年金番号は1997年1月に導入されたが、その時に、基礎年金番号通知書とセットで現在加入している制度以外に公的年金に加入したことがあるかどうか（複数の年金番号を持っているかどうか）を回答するハガキが送られた。社会保険庁は、加入した事があると申し出た人および氏名、性別、生年月日の3項目による名寄せを行い、合計約1,818万件を対象に、1998年度から2006年度にかけて順次照会を行い、年金手帳の基礎年金番号への統合を進めてきた。

2007年2月に社会保険庁は平成19年（2007年）度の事業計画案を公表し、「基礎年金番号と被保険者記録の適正な管理」という課題の中で、基礎年金番号への過去記録の統合・整理等を、年金個人情報提供の充実を図り、本人が事前に記録を確認する機会を拡大することや、本人からの申し出、問い合わせに応じて調査する年金記録相談の特別強化体制を取ることにより、被保険者記録の整理に努めるとした。しかし、まだ統合・整理されていない過去記録（年金番号）が約5000万件（厚生年金番号4000万件、国民年金番号1000万件）あることが判明し、適切な管理がなされていないことが指摘された。これが、いわゆる「宙に浮いた年金記録」である。